在被黑手党支配的街道艾尔盖斯托姆，经营着“便利屋”的沃里克和尼古拉斯，作为哪个组织也不属于的中立的存在接受着从便利杀人到护卫保镖等各种各样的委托，即使是警察和黑手党也对这2人刮目相看。有一天，他们在接受警察委托时，与1名妓女相遇。在这条封闭的街道上，生存着正常人与具有超能力的“黄昏人种”。持续连接的，过去与现在。重合的，使命与命运。——在2人与1人相遇时，街道的混沌开始加速。

《屠杀器官》的舞台将设定在赛拉耶佛核爆后的地球，此时部分落后国家爆发了一连串内战及民族冲突，在这血腥风暴之中，美国特殊情报部队「克拉维斯（クラヴィス）」发现了在阴影之下有一名叫「约翰?保罗（ジョン?ポール）」的美国人参与其中，约翰路过之处必定掀起腥风血雨，这让众人疯狂的 「屠杀器官」到底是什么？剧场版动画《屠杀器官》根据早逝的天才科幻小说作家伊藤计划的同名小说改编，由富士电视台的noitaminA节目企划，manglobe制作，将于2015年10月上映。

本作以哈萨维为主角，采取三部曲的形式，讲述“逆袭的夏亚”之后的故事。